施工企业项目经理的管理权限应由企业()授予。

选项B错误，经理层负责企业的日常运营管理，但项目经理的权限通常由更高层级的企业法定代表人授予。

选项C错误，股东大会是企业的最高权力机构，不直接涉及项目经理权限的具体授予。

选项D正确，根据相关法律法规和企业内部管理规定，项目经理作为施工企业的委托代理人，其管理权限应由企业的法定代表人授予。