根据《建设工程施工合同(示范文本)》,承包人提交的竣工 结算申请单应包括的内容有()。

解析：
选项A错误
所有已经支付的现场签证并不是承包人提交的竣工结算申请单必须包括的内容。竣工结算申请单应主要包括竣工结算合同价格、发包人已支付承包人的款项、应扣留的质量保证金以及发包人应支付承包人的合同价款等内容。

选项B正确
竣工结算合同价格是承包人提交的竣工结算申请单必须包括的内容之一。

选项C正确
发包人已支付承包人的款项是承包人提交的竣工结算申请单必须包括的内容之一，用于明确双方之间的款项往来情况。

选项D正确
应扣留的质量保证金是承包人提交的竣工结算申请单必须包括的内容之一，用于确保承包人在保修期内履行保修义务。

选项E正确
发包人应支付承包人的合同价款是承包人提交的竣工结算申请单必须包括的内容之一，是承包人完成工程后应获得的最终报酬。