施工企业法定代表人与项目经理协商制定项目管理目标责任书的依据有()。

解析：
选项A正确，项目合同文件是制定项目管理目标责任书的基础，明确了项目的范围、要求等。
选项B正确，组织经营方针为项目经理提供了制定管理目标的宏观指导。
选项C错误，项目管理实施规划是在项目管理目标责任书制定后，根据项目实际情况制定的具体实施方案。
选项D正确，项目实施条件直接影响项目管理目标的设定和实现。
选项E正确，组织管理制度为项目经理提供了制定和执行管理目标的制度保障。