组织结构模式反映一个组织系统中各子系统之间或各工作部门之间的()关系。

解析：
选项A正确，组织结构模式主要反映一个组织系统中各子系统之间或各工作部门之间的指令关系，即谁向谁发出指令，谁接受谁的指令。
选项B错误，协作关系虽然也是组织系统中各部门之间的重要关系，但并非组织结构模式主要反映的内容。
选项C错误，监督关系更多地体现在管理过程中的控制环节，而非组织结构模式本身。
选项D错误，配合关系也是组织系统中各部门之间的一种关系，但同样不是组织结构模式主要反映的内容。