编制人工定额时，应计入工人定额时间的有()。

选项A，材料供应不及时造成的停工时间，这是由于外部因素（如材料供应问题）导致的停工，不属于工人定额时间的一部分，因此不符合题意。

选项B，施工组织混乱造成的停工时间，这同样是由于施工组织管理不善导致的停工，也不属于工人定额时间的一部分，不符合题意。

选项C，由于施工工艺特点引起的工作中断所必须的时间，这是施工工艺本身所固有的、不可避免的中断时间，如混凝土养护时间等，应计入工人定额时间，符合题意。

选项D，工人在工作过程中为恢复体力所必须的短暂休息时间，这是为了保证工人能够持续、高效地进行工作而必须的休息时间，应计入工人定额时间，符合题意。

选项E，工人违背劳动纪律损失的时间，这是由于工人自身原因（如违反劳动纪律）导致的时间损失，不属于工人定额时间的一部分，不符合题意。

因此，正确答案是CD。