采用项目结构图对建设工程项目进行分解时，项目结构的分解应与整个建设工程实施的部署相结合，并与将采用的()结合。

选项B错误，工程流程是项目实施过程中的一个重要方面，但它并不是项目结构分解时主要考虑的因素。项目结构分解更多地关注项目的组成部分和它们之间的关系。

选项C错误，职能结构通常描述的是组织内部各部门或岗位的职责和权限，与项目结构的分解没有直接关系。

选项D正确，采用项目结构图对建设工程项目进行分解时，确实需要与整个建设工程实施的部署相结合，并特别考虑与合同结构的结合。合同结构定义了项目各部分的责任主体和合同关系，对于项目的顺利实施至关重要。