编制项目投资项编码、进度项编码、合同编码和工程档案编码的基础是()。

解析：
选项A正确，项目结构图和项目结构编码是编制各类项目编码的基础，它们能够清晰地展示项目的组成部分及其层次关系，为编码工作提供有力的支持。
选项B错误，组织结构图和组织结构编码主要描述组织内部的部门或岗位设置及职责关系，与项目编码无直接关系。
选项C错误，工作流程图主要描述工作之间的逻辑关系和执行流程，虽然对项目管理有一定作用，但并非编制项目编码的基础。
选项D错误，工作流程图和组织结构编码同样与项目编码无直接关系。