编制人工定额时，应计入工人定额时间的有()。

选项B，施工组织混乱造成的停工时间，是由于施工组织管理不善造成的，同样属于非定额时间，不应计入工人定额时间。此选项错误。

选项C，由于施工工艺特点引起的工作中断所必须的时间，是工艺过程本身的间断所必需的时间消耗，是定额时间的一种，应计入工人定额时间。此选项正确。

选项D，工人在工作过程中为恢复体力所必须的短暂休息时间，是工人在劳动过程中为恢复体力所必需的休息和生理需要的时间消耗，也是定额时间的一种，应计入工人定额时间。此选项正确。

选项E，工人违背劳动纪律损失的时间，是由于工人违反劳动纪律或迟到、早退、擅离职守等原因造成的，属于损失时间，不应计入工人定额时间。此选项错误。

因此，正确答案是CD。